成功解除潘达瓦战争危机后，海港城告别短暂宁静再度陷入惊天危机全城突发连环爆炸案，携带大规模杀伤性武器电磁脉冲（EMP）炸弹密钥的委员长也在高速公路上被神秘劫持东区分局明星警探吴英雄（赵又廷饰）反击未果遭遇改装直升机扫射身陷险境，坠落高架桥千钧一发之际，东区分局警官陈真（林更新饰）及时现身搭救吴英雄。海港城危机不断，跨海大桥被炸毁，通往本岛唯一道路断绝，同时，一盘神秘录像带被寄往政府部门，包括徐达夫在内的多名通缉要犯在镜头里誓死自白：建立全新海港城，所有牺牲都是值得庆祝的。对此，政府宣布：“事关安全紧急事件，优先等级五。”就在全港备战神秘邪恶力量之时，大爆炸席卷全城，并造成电力中断。整座城市陷入一片黑暗，连南区分局也被炸成废墟。危急时刻，吴英雄同陈真组成全新搭档，并偶遇被绑成人肉炸弹、高速驾驶直冲隧道的徐达夫（黄渤饰）。三人乱作一团之时，却突然遇到从隧道口直冲而下的无人飞行器及雇佣军攻击。九死一生之后，吴英雄和陈真才得知徐达夫怀有身孕的老婆已被恐怖分子挟持，并将她的身体作为生物武器“伊鲁康吉”试验田。在三人身后，而更有骇人阴谋笼罩海港城，神秘暗杀组织——夜行者启动旨在24小时内屠城的“枯草计划”。海港城倾覆之际，“真英雄”组合及徐达夫组成“正义三人组”挺身而出，正与邪、光明与黑暗的终极对决再度来临……
